功成引退
正当范文程励精图治业绩显著的时候，朝中政局发生了重大变化，使他不得不抑制雄心壮志，置身中枢之外。摄政王多尔衮率清军入主中原以后，权势急剧膨胀，初晋叔父摄政王，再升皇叔父摄政王，顺治五年竟当上了皇父摄政王，大有取代福临帝位之势。范文程蒙受皇太极特恩殊宠，知恩图报，竭力效忠朝廷，誓死不忘故主，至是，见朝政日变，多尔衮权大逼帝，同僚刚林、希宠背主转附多尔衮，福临之位岌岌可危，心中十分不满。兼之，几年以前豫王多铎夺己妻遭罚，难免有恨，恐将恃权报仇。形势非常明显，范文程要想晋爵加禄牢居相位，避免多铎谋害，就得离弃幼君投靠多尔衮，要想保持气节，忠贞不渝，就要开罪于皇父摄政王，身家性命难保。左思右想，进退两难。最后，范文程决定托疾家居。此情当然引起多尔衮不满。因此，尽管范文程于开国定制大有贡献，威望甚高，从顺治元年起就名列大学士之首，但摄政王对刚林、冯铨、祁充格三位大学士更为信用，范文程逐渐被排除于议政之外。
顺治七年1650年十二月，多尔衮病逝，顺治八年1651年闰二月，刚林、祁充格以谄附多尔衮妄改实录删去大福晋阿巴亥等事，被处以死刑，范文程亦系同改之人，刑部拟议革职，解任，籍没其家，诸王大臣覆议，拟令其革职折赎留任。顺治帝批示“范文程曾效力太宗朝，在盛京时，又不曾预贝子硕讬之罪，后知睿王所行悖逆，托疾家居，众亦共知。睿王取去刚林时，以范文程不合其意，故不取去。范文程著革职，本身折赎，仍留原任。前所行情罪已结，今后于委任职掌，当矢忠报效。”不久，范文程即复官。
顺治九年1652年遇恩诏，复进世职为一等子，授议政大臣，任太宗实录总裁官。范文程继续尽心竭力佐治国政，三月初八日，他偕同僚参奏会试中式第一名举人程可则“文理荒谬，首篇尤悖戾经注，士子不服，通国骇异”，请敕部议处。顺治帝命革退程可则，惩治考官胡统虞等人。
顺治十年1653年正月，范文程又上奏恢复连坐法，奏请允许部院三品以上的大臣各举所知之人，若被举之人任官后称职，奖励保举者，如其不称职，按罪之大小，进行论罪。他认为，“此法实行，则内外皆得真才，而天下无有不治者矣”。顺治帝下诏从其议。八月，加范文程少保兼太子太保。九月，年近花甲的范文程上疏，以病奏请休致。
顺治十四年1657年，范文程的官衔又升了一级，顺治帝派遣画师去范文程家里画了他的像，放在宫内不时观看。
康熙二年1662年，范文程奉命祭告太宗山陵，趴在地上悲伤的哭，人扶着都不能起来。
因病去世
康熙五年1666年八月初二日，范文程因病去世，终年70岁。康熙帝知悉文程病故，亲撰祭文，遣礼部侍郎黄机谕祭，赐其葬于河北怀柔县红螺山，谥“文肃”。完善官制