而三体在罗辑对太空广播恒星187J3X1坐标以后便意识到必须抢时间到地球封锁地球的广播能力，所以派出先进的武器“水滴”于此时先行到达太阳系，水滴不费吹灰之力便消灭了几乎全部的地球太空舰队，并呆在太阳附近干扰电磁波，封锁了人类利用太阳做放大器的对外广播能力。
地球太空舰队中只有量子号和青铜时代号逃离了战场，途中同样爆发了“黑暗战役”，最终“青铜时代”号幸存并逃亡。
人类终于观测到恒星187J3X1被“光粒”摧毁，罗辑的咒语生效了，于是罗辑被恢复面壁者身份，由于太阳已经被封锁，罗辑也没有了抵抗三体的有效方法，开始领导在三体人看来没有作用只是安抚地球人情绪的“雪地工程”。
随后，罗辑被人们轻视并被逐出居住处，孤身一人来到叶文洁和杨冬的墓碑旁，拿出手枪对准自己的心脏，通过无处不在的智子与三体对话。
原来罗辑利用雪地工程，在太阳轨道上布置了三千六百一十四枚核弹，如果罗辑死去，所有核弹将被引爆，包裹核弹的油膜物质会形成围绕太阳的星际尘埃，在尘埃云团的遮挡下，太阳将在波段上发生闪烁。
所有核弹的位置经过布置，使太阳闪烁形成的信号发送出三张图形，组合成三体世界的三维坐标图。
太阳变成银河系中的灯塔，把咒语发送出去，当然太阳系和地球的位置也会同时暴露，这是玉石俱焚的方法。
三体人接受了罗辑的谈判条件，三体舰队偏离太阳系，地球与三体暂时和平。
三体向地球传授科学知识，地球则利用自身爆炸性进步的优势（三体几乎是匀速发展）反过来帮助三体拯救偏离航道的三体舰队，黑暗森林威慑建立，庄颜和孩子被唤醒与罗辑团聚。
由于核弹开关要是掌握在集体手中，就起不到太大的威慑作用（因为要是三体不惧怕广播的风险进攻地球，在三体舰队到来前人类还有至少一代人的时间可以存活，这对活着的人就是全部了；如果为报复三体的进攻，向宇宙广播三体世界的坐标，地球一同暴露的话，来自不明世界的毁灭打击随时都可能到来，这个结果远糟于放弃广播。所以当三体进攻时，人类的群体反应完全可以预测：放弃广播三体坐标。但是如果开关掌握在某一个人手中，个体的反应则无法科学预测，威慑力度大于集体掌握）。
因此联合国把开关交回给罗辑，罗辑成为“执剑人”（手执高悬两个文明头顶的达摩克利斯之剑）。
也许是为了让庄颜和孩子彻底得到平静的生活，也许是受不了自己丈夫手握两个文明命运的沉重，也许是成为执剑人的巨大压力让罗辑异化，几年后庄颜带着孩子离开。
罗辑每时每刻都不能有任何的软弱被三体看出，开始了长达50余年孤身一人与三体人对峙的执剑人生涯。
此间逃亡在外的“青铜时代”号见威慑成立欲返回，被诱回地球后，所有人被以反人类罪逮捕，“青铜时代”号向“蓝色空间”号发出警告讯息，“蓝色空间”号加速逃离。
地球舰队的“万有引力”号与三体的水滴编队，开始追捕“蓝色空间”号（对其穷追不舍的原因是担心逃亡飞船会因为报复，对外广播两个文明的坐标）。
地球上女博士艾AA发现云天明送给程心的恒星DX3906存在类地行星，成为移民的希望，因产权问题唤醒程心。
冬眠后醒来的程心的原上司托马斯·维德为成为第二代执剑人，射杀强有力的竞争者程心未果被捕入狱。
程心当选第二任执剑人，接替已是垂暮老者的罗辑，三体看出了程心的软弱，就在罗辑将宇宙广播系统开关交给程心的十五分钟后，太阳系内的六个水滴向地球发起攻击。
果然，程心放弃发出宇宙广播，地球上宇宙广播系统被水滴摧毁。
同时与“万有引力”号编队追击“蓝色空间”号的水滴欲攻击“蓝色空间”号和“万有引力”号，却被能够部分进入四维空间的的“蓝色空间”号摧毁（四维对三维的干涉是可以直接进入三维物体内部结构的）。
“蓝色空间”号占领“万有引力”号，对太空启动了宇宙广播，暴露了三体世界的坐标，然后继续远离太阳系寻找新的家园。
之所以人类可以进入四维空间，是因为人类生存的宇宙是一个从四维空间降维得到的三维空间。