程心的同学云天明暗恋她，在得绝症后购买了恒星DX3906的产权匿名送给程心，并申请了安乐死。
程心得知云天明身患绝症的消息，找到云天明邀请其参加“阶梯计划”。
尽管深爱的女人不知道自己的心意，还邀请自己去参加生不如死的计划，云天明还是同意了，并最终入选。
程心知道是云天明送自己星星的时候，云天明的大脑已经被取出连同少量粮食种子发往三体舰队（云天明复活的话需要食物），程心痛不欲生。
为了让后世继续推进阶梯计划，熟知计划的程心第一次冬眠。
而面壁计划这边，面壁人泰勒计划在末日决战之时，以球状闪电和宏原子聚变消灭己方地球太空军让其成为呈宏观量子态的幽灵舰队去抵抗三体（他认为已被摧毁的舰队不可能再被摧毁，已死的人不可能再死一次），该计划被他的破壁人识破并指出是没有作用的，还把他的计划向全世界披露。
地球人指责泰勒没有人性，泰勒本可以说“是计划的一部分”，但是他选择了承认并自杀身亡。
面壁计划被质疑，除罗辑外另外两个面壁人希恩斯与雷迪亚兹为躲风头进入为期20年的冬眠。
这一年罗辑回想与叶文洁的对话，从宇宙社会学的技术爆炸和猜疑链中，思考出了“黑暗森林”理论：宇宙中存在着无数文明，就像散落在黑暗森林中的猎人，不知道下一刻会跳出什么样的野兽伤害自己。
所以每个文明都需要小心翼翼的躲避着被其他文明发现，以免可能会被其他文明毁灭。
而自己发现有其他文明的时候，也猜疑着其是不是存在恶意，最简单最经济的方法就是抢先向疑似有文明的地方发起攻击，开一枪试试看。
在宇宙中，一旦暴露己方坐标就等于坐等己方文明被毁灭（地球被三体锁定就是一个例证）。
因此罗辑认为可以利用黑暗森林法则，要是地球对太空广播三体世界的坐标，让三体世界暴露，总有其他文明会收到坐标后向三体世界开一枪试试看。以此为要挟可以建立起威慑，让三体不敢轻举妄动，保护地球得到喘息之机，然后发展科学缩小差距，最终摆脱三体威胁。
但是这个理论需要实验，罗辑动用面壁人权利向太空广播了离地球几十光年远的恒星187J3X1的坐标，对外说是发送了毁灭咒语，被世人嘲笑。
等待实验效果至少要上百年（送信号出去要几十年，被摧毁后的信号到地球也要几十年），加上罗辑感染了地球三体组织的基因病毒，所以进入冬眠。
在罗辑长达近200年的冬眠中，被唤醒的面壁人雷迪亚兹计划在水星布置一百万颗恒星级氢弹，一旦爆炸会引发太阳系的行星连锁坠入反应导致太阳系毁灭，三体也就失去可以移民的对象，在人类灭亡后三体也会灭绝，以此要挟三体。
该计划被他的破壁人识破，向世界揭露，雷迪亚兹被控谋杀地球文明，他撒谎说自己体内有炸弹控制器，一旦死亡就会触发炸弹炸毁纽约，从而得以允许其回国，归国后被愤怒的人民用石头砸死。
而面壁人希恩斯则发明了表面上可以固化对三体必胜信念的思想钢印，暗中却给所有接受思想钢印的人脑海里固化了人类必败的认识，希望促使人类逃亡，后被破壁人其妻子山衫惠子识破，冬眠醒来后，在国际大会上被惠子揭穿，惠子自杀，他被取消面壁人身份。
罗辑苏醒后，因为一百多年来地球科技进步给人类带来了乐观精神，认为三体必败，面壁计划也被认为是失败的，他被取消面壁人身份。
此时亚洲舰队“自然选择”号执行舰长章北海虽不是思想钢印族，也认为人类必败，由于地球禁止逃亡（地球人类不可能都逃亡出太阳系，不患贫患不均，所以联合国只好宣布逃亡主义非法），章北海便操作“自然选择”号连带追击舰蓝色空间号、进取号、深空号、终极规律号逃亡，想为人类留下文明的种子。
在逃亡中，因为补给不足问题，各舰船间互相产生了猜疑，都认为对方会先发制人发动攻击夺取能源与物资。
“黑暗战役”爆发，章北海阵亡，最终“蓝色空间”号幸存并逃亡。