成吉思汗一气之下，便让窝阔台来当攻城主帅，让术赤和察合台这两个哥哥来配合，并责令三个月之内攻下来。
听到成吉思汗的最后通牒，察合台和窝阔台这才紧张起来，开始拼命地攻城，由于守军和居民，早已听说蒙古大军在其它城池的暴行，为了自保，都誓死守城，蒙古大军死了不少人，还是攻不下来。
术赤再也顾不上保城了，一边命令抓来城外的当地人挖地道，一边命令士兵带着很多犬，去附近的卡拉库姆沙漠上，捉来了很多沙鼠和跳鼠回来。
接下来，他先用抛石器将盛满石油的陶罐抛入城中，使石油撒得到处都是，然后再用喷火筒将近处的石油点燃，再将抹上羊油的沙鼠和跳鼠装入木箱，点火之后，用抛石器抛入城中。
木箱抛入城中后，立即摔破了，沙鼠和跳鼠全身是火地冲出来，寻找一切可以躲避的地方，很快将地面和房屋上的石油全点着了，城里变成了火海。
这个时候，地道也挖通了，蒙古人从地道进城后，杀死了守城门的士兵，然后打开城门，术赤带着大军进去，与守军展开了艰难地巷战。
察合台和窝阔台听说术赤拔得头筹，已经攻进城了，纵然有些不痛快，也只得硬着头皮，带着大军跟在后面进了城。
攻进城之后，守军依然还在顽强地抵抗，蒙古大军进行了七天的巷战，才攻下玉龙杰赤，前后耗去了八个月的时间。
这次攻城，蒙古大军又死伤无数，窝阔台作为主帅，没有听从大哥术赤的劝告，反而听从了二哥察合台的意见，又进行了疯狂的报复。
除了城中的工匠和部分长得好看的妇女之外，蒙古大军杀死了城里的一百多万人，人均杀了二十多人，察合台为了杀得更快，又动用了军犬。
蒙古人攻打玉龙杰赤，完全没有按照术赤当初的预想进行，简直又是一个惨绝人寰的结局。
抢完了城中的财物，察合台还意犹未尽，根本没有征求主帅窝阔台的意见，便让自己的士兵，掘开阿姆河的河堤，引水淹了全城。
他的这一举动，除了防止城中有人装死，或者藏进地洞免遭屠戳以外，还有一个恶毒阴险的用心，就是不让自己的大哥术赤，得到一个完好的城池。
昔日繁华富丽的玉龙杰赤，在野蛮无知的察合台和窝阔台的命令下，变成了水乡泽国，水面上漂浮着累累尸体，臭味连日不绝。
自成吉思汗和蒙古大军到来后，锡尔河和阿姆河的河水，像大自然两行悲怆的泪水，不舍昼夜地，在中亚这片土地上流淌。
见了这个惨状，术赤很快就病倒了，连成吉思汗想召见他们三兄弟时，也无法前行。