城破之后，蒙古大军照例洗劫了城中的财物，还选出了三万工匠，充到了军中备用，又将很多青壮年，拉去做苦役或充分人肉盾牌。
蒙古大军随后拆毁了城墙，将壕沟用土填平，以便骑兵随时可以进出，完全成了不设防的城，蒙古人随时都可以进出。
经过这次劫难，昔日繁华的中亚经贸之城撒马尔罕，人口也锐减到以前的四分之一，从而迅速廖落了。
当花剌子模的百姓，都在痛苦之中挣扎时，蒙古大军的军营里，却堆着如山的财物，将军抱着抢来的女人，日夜喝酒狂欢，忽兰皇后和一群妃子也吃着水果，逗弄着女婴，生活得无比惬意。
在花剌子模，不花剌的石榴，撒马尔罕的苹果，是出了名的好吃，忽兰皇后和一群妃子，当然也少不了吃这些东西。
攻下花剌子模的都城撒马尔罕之后，成吉思汗才松了一口气，然后又兵分两路：一路由哲别和速不台率领，负责去追击摩诃末；另一路则由术赤为主帅，带着察合台和窝阔台攻打旧都玉龙杰赤。
当哲别从费尔干纳盆地，来与蒙古大军会师时，带来了一千多匹阿拉伯马，成吉思汗看到这种马后，真的有些不相信自己的眼睛，世上竟然还有这么漂亮的马。
阿拉伯马的身材挺拔，体形完美，头颅、四肢和腰腹部等比例非常协调，耐力也非常好，而且非常聪明，易于驯养，不愧是马中的佼佼者。
摩诃末逃走了，又攻下了花剌子模的首都，成吉思汗放下心来，放手让四个儿子继续攻城略地，他本人则带着肉苁蓉、忽兰皇后和一群妃子，还有从花剌子模抢来的美女，躲到撒马尔罕附近的奈撒夫，开始过偎红倚翠的避暑生活。
玉龙杰赤是花剌子模的旧都，其富庶程度，不在新都撒马尔罕之下。察合台本想大肆劫掠财物，听说术赤为帅，心里又不痛快了。
蒙古大军攻下不花剌和撒马尔罕之后，玉龙杰赤成为了一座孤城，城墙和兵力等防守情况，与撒马尔罕相比，完全不在一个档次，但该城横跨阿姆河两岸，中间有桥梁相通，是一个易守难攻的城市。
玉龙杰赤还处在阿姆河注入咸海的三角洲地带，这里有很多沼泽和沙漠，抛石器没有石头可用，术赤听从了汉人工匠的建议，派人去郊区砍来桑树，锯成小段后泡在水里，等桑木吸收了足够的水分，像石头一般硬时，再当作石头使用。
蒙古大军使用了喷火筒和抛石器，给守军和城中居民造成了极大的创伤，但阿姆河穿过这个城，居民便用河水来灭火，顽强地进行抵抗，术赤一时无法攻下此城。
无奈之下，他派了三千勇士，去抢夺横跨河水的桥梁，结果全被杀死，无一生还。本来就心怀不满的察合台，立即找到了借口，开始公开指责术赤指挥无方，并拒绝听从指挥，窝阔台表面上没有说什么，也不怎么配合。
术赤打仗很勇猛，但还是不想强攻，毕竟不花剌和撒马尔罕都被毁了，他想保下玉龙杰赤，作为自己以后的栖身之所。
如此一来，兄弟三人各怀异心，连攻半年，也没有拿下玉龙杰赤，成吉思汗听到这个消息，立即派人来指责三兄弟，术赤和察合台两人，都将责任推到对方的身上。