一枚奇怪的绿色针管，这次将要围绕着它展开一系列的案件。
我是高中生侦探，工藤新一。某天和青梅竹马兼同学的毛利兰一起去游乐园玩时目击了黑衣人的可疑交易现场，当时我只顾着偷看交易。
却忽略了从背后而来的另一个同伙。我被那名男子灌下了毒药，等我醒来之时….
我的身体已经缩小了，要是被他们发现工藤新一还活着。不但我的性命难保，还会危害到我周遭的亲人。在阿笠博士的建议下，我隐瞒了身份，当小兰见到我问起我的名字时….
情急之下，我化名为江户川柯南。
为了搜集那些组织的情报，住进了父亲以侦探为业的小兰家中。
目前知道我的真实身份的人有阿笠博士、发小圭真涅，和同样身为侦探的服部平次以及其他的一些人。
还有一个人，不知道从哪里得到的消息….
“一二三四五六….一二三四。”
铃木集团的顾问铃木次郎吉一大早的在外面做早操，年纪72岁，这么大了任然坚持锻炼。意志很坚定，身旁总跟着一条打扮精神的狗。
“不好意思。”
早上踢球的小孩不小心把球踢了过去，铃木次郎吉看着脚边的球弯腰捡起来并且还给孩子。
“谢谢。”男孩感谢完后转身离开。
她是兰的好友铃木圆子的父亲的堂兄，担任铃木集团的顾问。夸称自己想要的奖项皆已到手，所有梦想都已经实现的这位老先生。
目前则执着于要和怪盗基德一较高下，同样也是我比较在意的对手。怪盗基德的每次出手都是以宝石为目标，虽然不是什么特别坏的家伙，但作为侦探，我也要尽快把他抓拿归案。
还有就是他也是知道我工藤新一的真实身份的一人。
而且现在比起他我更在意的是那些家伙。就是那群炸毁研究所，将危险细菌带走的恐怖份子们。
他们究竟有什么目的？身体虽然变小，但头脑一样优秀。任何难题都能解开的名侦探，真相只有一个！
呼呼呼——
巨大的飞艇飞在空中，穿过云霄，下面的风景都变得如同沙盒一样。
“是热带乐园！”小岛元太一脸开心的贴着玻璃看着下面的景色，看到了最熟悉的那个热带乐园。
“城堡看起来好小哦。”
“整座乐园就像是模型一样。”
小岛元太既然在这里，其他人当然也在了，圆谷光彦和吉田步美站在旁边直呼好看。
“嗯，真是绝景啊。”铃木圆子弯腰看看发现下面的景色确实好看。
“对吧，真涅….”回头一看发现圭真涅已经被小野樱子拉着胳膊离开了，他们的背影看起来总让那么羡慕。
“那个小子，不知从哪找个女朋友出来，最近一直不理我。”铃木圆子盯着他们的背影眯着眼睛抱怨。
“呵呵，真涅也长大了呢。”毛利兰一脸微笑的站在旁边说道。
“你不也有了自己的王子么。”
“哈？你在说什么？”毛利兰没有反应过来。
“新一啊，工藤新一。”
“诶？”毛利兰瞬间脸色一红。
“真是让人羡慕，你们都已经找到了自己的另一半，而我的基德大人还不认识我。”铃木圆子最近是基德的小迷妹，被他那帅气的白色打扮所迷惑。