第二日，接到信息，经清军和江南沟通后，对方已同意他们过江，登上江舟，萧永藻和查慎行由扬州上船，然后沿长江而上直达南京。当船驶出扬州入长江后，早就有等候的明军水师迎了上来，先确定座船所载的人后，由明军水师派出两艘战舰护送，逆流而上。
如今的长江这段已全部被明军水师所控制，一路行来四处可见游弋江面的明军水师战舰。站见甲板上，眺望着那一艘艘战舰，还有那战舰上武装的大炮，萧永藻和查慎行不由得深为忧虑，在南下之前他们早就听说反贼水师实力强大，可想象却远不如亲眼所见来得真实。
据说，这仅是反贼水师的一小部分，反贼水师在南京、崇明、宁波、台州还有台湾等地的水师力量更为强大，除此之外还拥有近千艘海贸商船。和这些相比，大清的水师根本就拿不出台面，在这种情况下就算江北兵力充裕，想要打过江南去也极其困难。
一路之上，他们两人都暗暗观察着明军水师的情况，越往南京心中越是震惊。等二日行船抵达南京城时，当看见码头上停泊的近百艘战舰时，心中的惊愕更甚。
南京之战已过去两个多月，如不是就近才能看出有些城墙上有着交战的烟火痕迹和后来修补的颜色差异话，如今的南京城似乎依旧如同往日那样繁华。不！也许繁华更甚些。
萧永藻和查慎行之前都来过南京多次，那时候这里还叫江宁。对于这地方并不陌生，可现在的南京城相比以前不仅更繁华，而且还多了一些说不清的新气象，进了城中，原本以为军中肃穆的感觉并没有，相反四处井井有条，来往的商贩和百姓如同往常，人流也比以前更多，从那些人的脸上他们也未见到什么愁苦的模样，反而许多人都带着笑容。
进了城后越往里走更是热闹，除时时能见到三五成队的明军在城中巡逻外，南京依旧是繁花似锦的大城，这让萧永藻和查慎行颇感意外。
入城，自有专人接应，并把他们连同随从安置在原两江总督府附近的一处宅院。到了地方，向他们讲述了一些城中需知的事宜，并要求出入必须提前报备，由明军方面派专人监督陪同，其余倒也没什么过分之举，这让本就有面临苛刻和刁难准备的萧永藻和查慎行倒是放心了不少。
“这南贼看起来不简单呀。”进了院子，等明军的陪同人员离开后，萧永藻这才忍不住叹了一句。
查慎行默默点头，从船行长江到入城来看，南贼的确不简单。萧永藻和查慎行都是有见识的人，不可能看不出来这南京城的变化，尤其是在大战后仅仅两个多月的时间内整个南京就恢复了往日的生机，而且似还有更甚，如果没些能力是根本就办不到的。
“据说宁波现在热闹的紧，自去年起南贼就占了宁波，如今已一年多了，也不知道宁波那边究竟是什么样子。”查慎行想了想道。
萧永藻凝神细想了下，却未说话。查慎行又道：“入城之时，我听闻南贼已行科举之事，似乎开科就在近日，如南贼这次科举成，将来必成我大清之心腹大患。”