江南丢失，清廷为之震动，再加上清廷在江南的数万大军一并被明军歼灭，使清廷不仅失去了江南一地，更令清廷手中的兵力严重不足。
康熙一朝，全国总兵力大约在六十五万左右，不过这只是在册数量，实际数量应该比这数字更少些，大约是六十万上下的样子，如果去掉不能动用的边军，能调配的数量更少。自康熙四十七年袁奇在浙江起兵后至今，一年多的时间清廷前后损失总兵力就超过了十万，这对于常规军只有六十万的清廷来讲是极大的损失。
为补充兵员，重建军镇，清廷在康熙四十七年年底就已开始加大征兵数量，可由于江南丢失和数万大军的损失，虽然清军有能力尽快从民间补充这些兵源，但从整体战斗力和武装程度来看，清军的实力随着江南战役的失败开始走下坡路了。
更重要的是，江南一直以来就是清廷的赋税重地，尤其是江宁织造和苏州造司和杭州知造，这三府一向就是康熙的钱袋子，直接归属于内务府管辖。而今这三大织造随着整个江南丢失已不复存在，就连曹寅、李煦这样心腹中的心腹都落入了反贼之手，让康熙为之痛心不已。
除康熙之外，还有一人更是恨朱怡成咬牙切齿，他就是康熙的皇子八阿哥。八阿哥在朝中名声很好，素有八贤王之称，可实际上八阿哥能够笼络那么多朝中官员一方面是凭自己的人格魅力和皇子地位，另外也是同他手中的大把银子分不开的。
和其他皇子不同，八阿哥很早就着手把势力伸向了江南，可以说江南是八阿哥的基本盘，尤其是两江总督噶礼等人更是八阿哥在江南的代理人，每年他都能从江南获得数十万两收益，再加上通过官场和私下经营的产业，其获利总计已超百万，而现在一切都已随着江南丢失烟消云散，没了这大笔进项，他一个普通的皇子如何同太子还有其他兄弟争夺皇位？
所以，当江南丢失的消息传来后，八阿哥是最为愤怒的，为此他几次求见康熙要求尽快南下收复江南。可康熙虽然对江南丢失一事恼怒异常，更是破天荒地踢翻了上书房的书桌，可不知道为什么，时间过去了那么久，康熙却没有马上调集兵力反攻江南，相反这件事却渐渐搁置了下来。
上书房内，此时此刻康熙正在召见马齐、赫奕、耿额、揆叙和刚赶回京的隆科多几人。
静静地听完隆科多的讲述，隆科多出京后带兵先是带兵平定了山西八卦教叛乱，紧接又对北直隶一带各路反叛教众进行了扫荡，就此黄河以北八卦教势力被隆科多基本扫平，地方上为之一清。其后，隆科多又带兵赶往河南，负责对盘据在那边的祝建才部进行清剿，可还未等他联合兵力发起全面进攻时，江南丢失的消息突然传来。
为避免明军趁势渡江北击，康熙急忙下令各部在江北布防，从而导致祝建才就此逃过一劫，而今在河南和清军依旧形成僵持状态。至于在长江中游的袁奇部也是如此，整个战局就此迟缓下来。