而狄仁杰性格刚正，虽然不反对武则天登基，但也不愿见酷吏为了讨好武则天大肆罗织冤狱。因此遭到了武则天的宠臣来俊臣的记恨。
在拜相两年后，63岁的狄仁杰就因为一桩子虚乌有的谋反案遭到了来俊臣的诬陷，从宰相变成了阶下囚。熟谙律法的狄仁杰知道如果主动承认罪名就能减免死罪，于是狄仁杰一边认罪，一边想办法把申诉的文书偷偷送到武则天手中。
武则天亲自召见狄仁杰，问清了事情的原委，最终将其贬到了彭泽当县令。
武则天的侄子武承嗣看狄仁杰不顺眼武承嗣，经常在武则天面前说狄仁杰的坏话。然而，武则天作为一位精明的统治者，她对狄仁杰的才能和忠诚有着清晰的认识。
尽管武承嗣试图挑拨武则天对狄仁杰的信任，但武则天并没有被这些谗言所动摇。
狄仁杰在彭泽担任县令期间，他的治理能力得到了充分的体现。直到契丹部族作乱，狄仁杰才得到了重新启用的机会。
公元696年，契丹首领孙万荣攻陷冀州，武则天重新启用了67岁的狄仁杰为魏州刺史。狄仁杰的威名使得契丹人闻风丧胆，匆忙撤军，从而化解了一场危机。
武则天对此非常高兴，不仅对狄仁杰进行了升官赏赐，还亲自写下了12个字的褒奖，以此表彰他的忠诚。第二年，武则天再次召狄仁杰入朝为相。
在立太子的问题上，武则天曾征求狄仁杰的意见，询问应当立武家的人还是李家的人。狄仁杰建议立李显为皇太子，这一建议最终被武则天接受，李显被接回洛阳并立为皇太子。这一决策对于后来的唐朝政治格局有着深远的影响。
即使在武则天晚年，她奢侈无度，宠信二张兄弟，但她对狄仁杰的信任并未改变。在朝政中，每当狄仁杰与其他朝臣出现争议，武则天总是站在狄仁杰这一边。
公元700年，狄仁杰病逝，享年71岁。武则天对此非常伤心，为了表达对狄仁杰的哀悼，她下令废朝三日。
狄仁杰的去世对于武则天来说是一个巨大的损失，她失去了一位忠诚且能干的助手。狄仁杰的一生，是对唐朝法律、政治和社会稳定做出了巨大贡献的一生，他的智谋和忠诚被后人所敬仰。
——“福尔摩斯是西方的狄仁杰才对。”
——“福尔摩斯最多就是探探案子，顶多能影响一个城市，狄仁杰可是左右了大唐啊，他够跟我狄哥碰瓷吗？”
——“能在武则天底下得到善终，足以见他的政治智慧。”
【《罗织经》的作者来俊臣，历史上的酷吏到底有哪些手段？历史酷吏来俊臣】
他是唐朝有名的酷吏，无赖出身，靠无限告密飞黄腾达。武则天曾携他手，处理国家之冤狱，每亲手一案都要大肆连坐，就连狄仁杰都差点栽在他的手中。
所做的《罗织经》更是将其如何罗织罪名、陷害杀人的过程记录其中，如“请君入瓮”、“凤凰展翅”、“玉女登天”、“仙人之路”。这些非常手段，让人看完以后不禁甘愿一死。