后来，圣唐王庭，想到了招降之策，派宦官到蕲州见王仙芝，封其官衔，而后者听说有光宗耀祖的大官可做，欣然同意了，于是，宰相王铎堂弟王镣为王仙芝写信给蕲州刺史裴偓，表示愿意接受招安。
是年年底裴偓诱降王仙芝，愿授圣唐王庭之职，而黄巢坚决反对，大骂王仙芝“始吾与汝共立大誓，横行天下。今汝独取官而去，使此五千余众何所归乎”
随后以杖击伤仙芝头部，头破血流，其众喧哗不已。
见招安不成，蕲州刺史裴偓逃奔ez，不久两军分裂，三千余人从仙芝，仙芝乃大掠蕲州，黄巢引兵二千北上。
不久之后，王仙芝带领的起义军在鄂被圣唐大军打败，他本人也被杀死，王仙芝失败之后，起义军重新整合，众军士推举黄巢为首领，又称冲天大将军，转战黄淮流域，又进军长江下游一带。
黄巢军进攻汴、宋二州，为东南面行营招讨使张自勉所阻，转攻卫南、叶、阳翟等地，圣唐征调义成兵三千人守卫东都附近的伊阙、武牢等地，豫一时势壮。
黄巢率军渡江南下，与旧部王重隐相呼应，攻下饶、信等州，同年十二月，进入闽，转入粤。
第二年10月，农民起义军攻克羊城，活捉节度使李迢，起义军在羊城休整两个月后，补充了人员和武装，这时，黄巢以百万都统的名义发表了北伐的政治宣言，提出了禁止官员聚敛财产，犯赃者灭族的具体政治主张，之后挥师北上。
是年黄巢大军自桂编木筏，沿湘江而下，进逼江陵，北向襄阳，圣唐王廷得知黄巢将北上，遣宰相王铎为南面行营招讨都统，屯兵江陵，又任命李系为行营副都统兼湖南观察使，统兵十万屯驻潭州，“以塞岭北之路，拒黄巢”。
此时农民军连下永州和衡州，抵潭州城下，李系惊恐，紧闭城门，黄巢挥兵力战，一日而下潭州，圣唐大军十万人血染湘江，让乘胜追击，以五十万军进逼江陵，王铎奔襄阳，黄巢兵不血刃占据江陵，北趋襄阳。
之后，起义渡过淮河，向官军将领发出檄文“我们攻击京都，只向皇帝问罪，与各位无关。各位各守各的地界，不要触犯我们”
各地将领接到檄文，均想保存实力，不愿为朝廷卖力。
于是，黄巢号称百万大军，浩浩荡荡逼近潼关，并且黄巢亲自到阵前督战，大败圣唐军，在起义军攻下潼关之后，僖宗惊慌失措，头也不回，一路逃到了川地，而来不及逃走的圣唐官员，出城投降。
之后黄巢军进入京都，守京大将张直方率众迎接黄巢大军进城，整众而行，不剽财货，群众达百万军，入城后，军纪严明，闾里晏然，晓谕市人黄王起兵，本为百姓，非如李氏不爱汝曹，汝曹但安居无恐。向贫民散发财物，百姓列席欢迎。
一月，即位于含元殿，建立了大齐政权，年号金统，原朝官员，四品以下留用，余者罢之。
不久，其部属杀人满街，巢不能禁，圣唐宗室留长安者几无遗类，唐室官员惶惶不可终日，史书言华轩绣毂皆销散，甲第朱门无一半；内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨，又没收富家财产，号称淘物，宫室皆赤脚而行。
而圣唐大军一直未对新朝停止进攻，曾经一度攻入京都，黄巢军露宿霸上，调知官军不整，且诸军不相继，引兵还袭之，自诸门分入，大战长安中，宗楚、弘夫死，军士重负不能走，是以甚败，死者什八九。