官员的任免，由御史台考核，六科给事中评定，最终交给吏部举手表决通过。但三品以上，还必须交给内阁和元老议政院再次审核，最终举手表决通过。最终由皇上签署任免令，当然，这仅仅在说明，你是大明的官员，是大明皇帝的臣子。
而元老议政院和内阁的制度也有所改变。
元老议政院，是大明执政两驾马车之一，他是由退休致仕的国朝重臣以及勋贵公侯组成，由公推的德高望重宿老院长主持，第一届院长是德高望重的孙承宗。他主要的职责是监督内阁的运作。审核内阁提交新的政策的制定，弹劾罢免内阁成员。记住，这里只指弹劾罢免内阁成员，而不得干涉朝廷其他官员。其实就是给内阁拴上笼头，使得内阁不能胡作非为。
同时，一旦出现战争，元老院立刻转型为参谋部，让宿老发挥人老成精的特长，制定战略计划，行驶对带兵大将和兵部的监督，协调工部后勤的调配。
以上都是以精英推选而不是天下普选。这倒不是毛文龙改革不彻底，而是毛文龙依旧当时的国情，和后世的普选弊端，再大家吵架几天之后决定的。
一旦施行普选，一来民智未开，根本施行不了，二来的确是耽误功夫浪费精力。一个首辅或者是元老议政院的院长，为了上任，就要拿出一年的时间来向全国的老百姓宣传造势，然后为了保住位置，还要拿出功夫继续宣传自己。等下一届开始选举，就又要开始循环这样的操作。如此这个首辅不用做正事了，就整日为自己的事情忙吧。
皇上可以封驳提名，但只能有三次这样特权。皇帝有豁免权，即便是罪大恶极的，也必须执行。但每年只有一次
宣布朝廷以后政令依旧以皇帝圣旨为正名，但必须通过元老议政院，内阁署理才成为大明正式的政令，缺一皆为废纸。
撤销大帅总兵官永久带兵的权利。师以上的将军随时轮换绝不专属。
兵权交还给兵部，只有战争出现，由兵部指定任免将帅。
为了杜绝兵将不知的弊端，兵部分作两个部门，一个是后勤部门，一个是训练部门，，全天下的部队后勤都归兵部后勤司管理。队伍的后勤官员不归本支队伍主官管辖。
而天下士兵的训练全部统一，不再各行其是。
兵部尚书不再由文官担当，必须以武将为本。
罢免毛文龙原先一切职务，包括东江镇总兵官，以大明辽王任兵部尚书，掌管天下一切兵马。
明确规定，为了监督他主导的国策不在出现反复，毛文龙的兵部尚书职务为终身制，以后其他任何人不得执行。
也就是说，毛文龙就是看着大家，好好的贯彻这些政策制度，谁敢捣蛋，毛文龙有权灭了他。
至于他要捣蛋，谁灭了他，这个没说。
而又一道圣旨明确的规定了毛文龙和他的军队的责任：为了维护新政的稳定，原东江镇撤销，原复辽军已经完成了他的使命而撤销。
将大明划分十个军区，派驻原复辽军分别组扎。