满门皆荣
随着祖大寿地位的迅速上升，祖氏满门都获封官职。祖大寿的兄弟祖大乐、祖大成、祖大弼，子侄祖泽远、祖泽沛、祖泽盛、祖泽法、祖泽润、祖可法等，都是上自总兵、下至副将、参将、游击的各级军官，分驻宁远、大凌河今辽宁凌海市、锦州诸城。为表彰祖氏世代镇辽的功勋，明朝崇祯皇帝即位后，特命于宁远城内敕建祖氏四世镇辽的功德牌坊。
己巳之变
参见词条己巳之变
皇太极打锦州、宁远不下，便改变了战略，于1629年崇祯二年农历十月率十万大军从蒙古方向攻入长城，一直打到北京城下。当时，明朝军队主力都在山海关外布守，袁崇焕急率祖大寿驰援北京城，并在广渠门外与皇太极展开激战。孤军深入的皇太极怕袁崇焕与北京城内外合击，不得不撤军而走，清人销毁明朝的大量原始记载，为神化自己编造谣言说临走时布下所谓反间计。崇祯皇帝将袁崇焕下狱问罪，祖大寿既寒心又愤怒，率部东走，崇祯皇帝无奈之下让袁崇焕写信招回祖大寿，孙承宗也遣使抚慰，请祖大寿立功赎袁崇焕之罪，祖大寿便又回到了关内。
收复永平
1630年崇祯三年春，后金军攻克明朝永平等四城，皇太极听说祖大寿的族人居住在永平三十里村，就命令军队去抓人，得到祖大寿一个侄子及其亲戚家属。皇太极给祖大寿侄子一所住宅，并派兵监视。
不久，崇祯皇帝命令祖大寿与山西总兵马世龙、山东总兵杨绍基会师，率领副将祖大乐、祖可法、张弘谟、刘天禄、曹恭诚等进攻滦州，攻取滦州之后，进逼永平，贝勒阿敏等丢弃四处城池领兵返回后金。于是，祖大寿又回到锦州前线防守。但祖大寿从不只身离开军营，生怕叫东厂的特务抓了去。
大凌河之战
1631年崇祯四年农历七月，祖大寿奉命于大凌河筑城保卫锦州，在他修了不到半个月，城墙雉堞还没修完时，皇太极大军便兵临城下，将大凌河城包围。祖大寿只好关闭城门，仓促应战。
城中粮草仅够几天之用，围了不几天城中就断粮了。城中将士无不惊恐万状，祖大寿作过几次试探性的突围，都被金兵杀了回去。无奈之下，只好坐困愁城，盼着援兵。
皇太极在围困大凌河城十天后，便开始了对祖大寿的劝降工作。但祖大寿不为所动，对皇太极根本不予理采。
皇太极为了进一步消耗城中的有生力量，搞了一次假增援，祖大寿盼望援军心切，急忙率军出城相迎，欲前后夹攻，实现突围，结果上了大当，被杀得大败，损失十分惨重，祖大寿再也不敢出城应战。
皇太极于1631年崇祯四年农历十月七日和十月九日这两天先后致书祖大寿、何可纲、副将张存仁，劝其速降。但仍遭到祖大寿的拒绝。
于是皇太极又亲自写信给祖大寿，他解释说“过去杀辽民确有其事，我深为懊悔，我们早就不那样做了。至于永平屠城那是二贝勒阿敏所为，他因此也受到了严惩，希望你不要存此偏见。但祖大寿等还是不信。
明军几路救兵四次援救，都被后金军击败。祖大寿的多次突围也没有成功。大凌河城被围了三个月，城内的粮食吃完了就杀马吃，马吃没了，就杀人相食。大凌河城百姓被充作军粮杀尽。