天启七年1627年初，后皇帝皇太极一面派遣方金纳为首的九人代表团，前往宁远与当时的辽东巡抚袁崇焕议和，以疑惑明朝方面。一面派镶蓝旗旗主阿敏、镶白旗旗主阿济格、镶红旗旗主岳托，贝勒济尔哈朗、杜度、硕托，总兵李永芳等人率大军攻打东江镇，以解除心腹之患。对于后金的出兵人数，袁崇焕说有十万“闻奴兵十万掠鲜、十万居守。”朝鲜认为毛文龙必败，为自保倒向后金，向后金大军朝鲜服装“引贼俱换丽帽丽服”冒充朝鲜军围攻铁山。铁山都司毛有俊等率千余名守军与后金大军血战，战至最后一卒，无人肯降，毛有俊拔刀自刎，壮烈殉国。
随后，后金铁骑乘冬季冰坚，进攻与铁山仅三里之隔的云从岛。毛文龙率部英勇反击，派部将毛有见、尤景和等逆袭后金军。双方在冰面上展开激烈战斗。东江健儿面对武器、装备和人数都占优势的后金军，毫无惧色，浴血奋战，双方互有杀伤，后金军强攻多日，始终不能前进一步。后金主帅阿敏见部队伤亡太大，占不到半点便宜，遂迁怒于朝鲜人，转而进攻朝鲜义州和安州，攻破城池，大开杀戒。得手后，又率大军移向朝鲜首都王京，准备灭掉朝鲜称王，朝鲜国王李倧一面仓皇出逃，一面遣使向明朝和毛文龙请罪，说导敌不是自己的主意，而是臣子所为，请求援救。
天启皇帝认为朝鲜虽然协助后金，但不应该计较属国的过错，才是气量。于是下诏给毛文龙，要求毛文龙不计前嫌，出兵援朝。他说“奴兵东袭毛帅，锐气未伤，深慰朕怀。丽人导奴入境，固自作孽，但属国不支，折而入奴，奴势益张，亦非吾利。还速谕毛帅相机应援，无怀宿嫌，致误大计。”
毛文龙接到诏书以后，不顾自身粮饷短缺，毅然率部进入朝鲜，反击后金大军。在天寒地冻的环境中，东江军衣不蔽体，食不果腹，每日“拉死尸为食”，仍在毛文龙的激励下，顽强作战。双方在宣州、晏庭、车辇、义州等地反复拉锯，而随着天气逐渐转暖，战事逐渐向有利东江军的方面转变。随着河水、海水的解冻，东江军逐渐依靠朝鲜境内的大小河流，把以骑兵为主的后金困住，多次重创敌军，“三战三捷，困奴于银杏江”，随于千家庄、瓶山一带与后金主力展开决战，“文龙自率兵出，大战，杀固山三、牛鹿八人，斩两千余级。”阿敏不得不放弃在朝鲜称王的打算，“杀出一条血路回到本土”，东江军取得了战役的最后胜利。
“丁卯之役”之始，后金判断明军主帅毛文龙极有可能在铁山，遂于朝鲜方面勾结，冒充朝鲜人突袭铁山，若成功便能成为一次出色的“斩首行动”，体现了其首领皇太极一惯大胆、果断的作风。但是，由于非常偶然的原因，毛文龙不在铁山，后金突袭失败，使得战事变为持久战，一拖再拖，最终让明军反败为胜。
后金主帅阿敏在突袭铁山失败，强攻云从不下的情况下，迁怒朝鲜，又想“东边损失西边补”，在朝鲜捞一票，甚至打算在朝鲜称王，不但没有成功，反而将朝鲜推向明朝方面。战役后期，随着天气转暖，骑兵为主的后金军十分被动，甚至有可能被困死于鸭绿江以南，阿敏却一再拒绝撤军，终于令后金军在瓶山决战中蒙受重大损失。
“丁卯之役”使得皇太极用军事手段解决东江镇明军的战略失败了，不得不转而寻求外交和政治手段解决的途径，“通款崇焕，求杀文龙”。但是，他至少利用明军削弱了牛录比自己还多的两个旗阿敏的镶蓝旗、阿济格的镶白旗的实力，解除了此二人对其汗位的威胁。可以说，无论后金“丁卯之役”在军事上成功与否，对皇太极个人来讲，都是胜利的。
影响编辑
朝鲜被迫与后金互市，并向后金进贡。在与明朝关系恶化之后，后金的经济至此得以恢复。
战后，朝鲜仍旧视明朝为宗主国，并派人上表，将战争经过告诉明廷。
学者徐东日认为，丁卯战争使得朝鲜蒙受巨大屈辱和苦难。在此之前，朝鲜人一直自视为文明之邦，将女真人视为蛮夷；丁卯战争以后，朝鲜人对女真人的态度由蔑视转为敌视。
虽然朝鲜向后金朝贡，后金也给予朝鲜赏赐品，但两国的关系依然紧张。执掌朝鲜朝政的依然是反后金亲明的西人党。在儒家思想的影响下，不少朝鲜大臣认为明朝助朝鲜击退日军，朝鲜理当与明朝交好抗击后金。因此朝鲜拒绝废除明朝年号，并依旧保持与明朝的关系。这为后来1636年后金清的再次入侵丙子胡乱埋下了伏笔。
对于明朝方面来说，“丁卯之役”使得拥有数万骄兵悍将的镶蓝旗精锐丧尽，即使休整两年也未恢复元气，其余参战后金军也多有损失。是为明军与后金交战以来，所取得的最重大胜利，而这又是在明军极为艰苦的环境下所取得的，更加可贵。对此，登莱巡抚李嵩评价说“奴以十万之众东江，毛文龙乃能于狂烽正炽之际，奋敌忾迅扫之威毛帅之功于是乎不可及矣”
李嵩的继任者孙国祯收复澎湖列岛的民族英雄也认为“臣看得毛帅孤悬绝岛，远泊水乡，溟雾胡风，侵肌扑面，寒烟冷月，泣昼怜宵。七年正月以来，五战而五胜，谛观宣州、车辇、义州西门、龙山诸役，皆令人舌咋心惊，色飞神动。然义州西门之捷，独雄而奇，盖其俘获者皆名酋，今之系纽而献者，此也。宣州诸路之捷，又险而奇，盖毛帅亲中二矢，不为少动。自五、六年以来，大小几近百战，积俘至四百七十有零，抢获器械、马匹累百，近日续报者不与焉。”
“职惟知尽忠报国，绝不肯偷身自免”东江主帅毛文龙战时如是说，他亲冒矢石，身中数箭，犹死战不退在毛文龙的激励下，东江健儿人人奋勇，与后金军舍身搏斗，鲜血染尽三千里江山。在中国的意大利传教士卫匡国向欧洲人介绍说“此次战役之激烈为中国所未曾见。”，并说“抗拒鞑靼人最有力的要数英勇盖世的大将毛文龙。”
朝鲜史料则认为是朝鲜民间的义军打败了后金大军，毛文龙坐困穷岛，毫无作为。
朝清战争
后金哈赤为避免两面作战，对朝鲜采取拉拢的政策，多次派遣使臣赴朝鲜投书，希望朝鲜与明朝脱离关系，与后金结盟。但是朝鲜不为所动，仍然支持明朝，反对后金。后金面对明朝与朝鲜的夹击，决定向较弱的朝鲜开刀。清天聪元年1627年，皇太极与贝勒阿敏亲自领兵入侵朝鲜，史称丁卯胡乱，朝鲜军队不敌清兵，仁祖与群臣逃往江华岛，结果朝鲜与后金议和，约为兄弟之邦，朝鲜并向后金岁贡。
1636年丙子明崇祯九年，朝鲜仁祖十四年，后金崇德元年，皇太极正式由汗改称皇帝，改国号大清，族名满洲。他事先将此事通报朝鲜，希望朝鲜参与劝进。朝鲜闻讯大哗，积累近10年的憎恶、羞辱情绪一并迸发。朝鲜臣僚纷纷痛切陈词，“使彼虏得知我国之所秉守，不可以干纪乱常之事有所犯焉。则虽以国毙，可以有辞于天下后世也”。在一片慷慨激昂的气氛下，仁祖拒不接见后金使团，不接受其来书。后金使团愤然离开汉城，沿途百姓“观者塞路，顽童或掷瓦砾以辱之”。
仁祖在三田渡向皇太极跪拜
该年四月，皇太极在沈阳正式举行称帝大典，朝鲜使臣罗德宪、李廓拒不下拜。皇太极非常气愤，认为这是朝鲜国王有意构怨，决定举兵再征朝鲜。该年十二月二日，皇太极亲自统帅十万大军亲征朝鲜。清军渡江后，扬野战之长，舍坚城而不攻，长驱而南，仅仅十二天便抵达王京城下。京畿之内“上下惶惶，罔知所为，都城士大夫，扶老携幼，哭声载路”。仁祖再次将王妃、王子和大臣妻子送往江华岛避难，自己则率领文武百官退守南汉山城等待各路勤王军的到来，同时派出崔鸣吉等人赴清营谈判，拖延时间。朝鲜请和书中写道“朝鲜国王谨上言于大清宽温仁圣皇帝小邦获戾大国，自速兵祸，栖身孤城，危迫朝夕如念蒙丁卯誓天之约，恤小邦生灵之命，容令小邦改图自新，则小邦之洗心从事，自今始矣。必欲穷兵，小邦理穷势极，以死自期而已”云云。皇太极见朝鲜君臣求和之切，毫无斗志，乃对其迫降，下令清军包围南汉山城，伐木列栅，绕城驻守，山城内粮草断绝，不得不杀马充饥。各路勤王军队也被清军击败，朝鲜君臣只有坐困孤城。仁祖曾经爬到南汉山城的南门，看到城下清军黑压压一片，不禁长叹。清军在望月峰上升白旗书招降二字，又致书仁祖，令其出城投降。仁祖则复书“重围未解，帝怒方盛”，所以不能出城请降，“古人有城上拜天子者，盖以礼有不可废，而兵威亦可怕也”。见朝鲜方面还在纠缠于出城投降的细节，不耐烦的皇太极下令用火炮攻城，同时清军又攻占了江华岛，俘虏王妃、王子、宗室76人，消息传来，见大势已去，仁祖只好求和。
1637年正月三十日，仁祖率领群臣出南汉山城，徒步前往汉江东岸的三田浦清营拜见皇太极，伏地请罪。皇太极降旨赦之。双方筑坛盟誓，朝鲜去明年号，缴纳明朝所赐诰命敕印，奉清朝正朔，定时贡献，并送质子二人。此外，朝鲜朝廷中主战最坚决的洪翼汉、尹集、吴达济三人被清军索要，在沈阳就义，号称“三学士”。此役为朝鲜历史上著名的“丙子虏乱”。清朝班师途中顺势攻陷皮岛，拔除了明朝在辽东沿海的最后一颗钉子。
丙子虏乱之后，朝鲜成为清朝的附属国。世子李溰长居沈阳，另外一质子则由凤林大君和麟坪大君轮流担任。同时朝鲜还要岁贡黄金百两、白银千两、白苎布200匹、各色绵细2000匹、各色细麻布400匹、各色细布万匹、米万包等等。
具有高度发达的儒家文明、以“小中华”自居的朝鲜沦为落后的山林狩猎民族建立起来清朝的藩属国，在当时的朝鲜是令君臣黎民都痛心疾首的事情，丙子虏乱对朝鲜社会、文化的冲击非常大。国王和两班的权威一落千丈。清朝的征索也加重了朝鲜的负担。经济掠夺、政治欺压、文化差异，使得终朝鲜之世，思明反清的情绪一直都是社会思潮的主流。
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