率部来会。四月，科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁哈喇慎、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的台吉会于西拉木伦河岸，总兵力约10万。此时，镶黄旗两个蒙古人偷马逃出，将大军压境的消息报告给林丹汗。当时林丹汗驻帐于宣府边外，听说后非常震惊，于是率众西奔。皇太极分兵三路穷追林丹汗41天，五月下旬进驻归化城，得知林丹汗已渡黄河而去。遂停止追击，经宣府、张家口返回。途中收拢了林丹汗所遗部众数万人。
林丹汗亡命青海，逃难过程中部众大量流失，1633年四月，两翼大总官塔什海、虎鲁克寨桑投降后金。六月，巴达西寨桑等5个头目率千余户投降。同时又缺少粮食，甚至到了“杀人易食”的地步。1633年，林丹汗五次攻掠明边，1634年，更是连续在三、四、五月出兵，闰八月甚至和洪承畴交手，都是为了获得粮食。他在青海时，与漠北外喀尔喀的绰克图台吉却图汗、西藏的藏巴汗、康区的白利土司月顿多吉结盟，因为他们都不信仰黄教，所以被称为“反黄教联盟”。林丹汗试图利用这个联盟东山再起。可是天不假年，就在1634年夏秋之际，林丹汗因天花死于青海大草滩，结束了叱咤风云的一生。
后代降金
林丹汗病故后，林丹汗的遗孀们及他的儿子额哲率领余部自青海大草滩返回河套地区，漠北外喀尔喀的车臣汗硕垒致函额哲，希望他移帐漠北。这时，皇太极于1635年二月命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，第三次远征察哈尔。三月，多尔衮在西喇珠尔格地方遇到林丹汗的大福晋囊囊娜木钟，得知额哲所在地。四月二十日，后金兵渡过黄河，四月二十八日，后金兵趁着大雾包围了额哲营帐，并派苏泰之弟南楚劝降。于是苏泰、额哲母子奉传国玉玺出降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部收归后金版图。皇太极得此传国玺，又被以额哲为首的漠南蒙古四十九个封建主尊奉为“博格达彻辰汗”，乃于翌年建立大清帝国。
后来，清朝统治者将察哈尔部安置于义州，分设左右翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。康熙年间，林丹汗的孙子布尔尼举兵反清，旋即失败，后嗣断绝。
为政举措编辑
政治
林丹汗即位后，面临汗权衰落、各自为政的局面，着手强化中央集权。据金轮千福记载，“他林丹汗把八鄂托克察哈尔分置左右各三土绵，在阿巴海哈喇山中建察汉浩特，用六万户刚健之军加以统治，把持着强势具备的朝政”。也就是说，林丹汗按照北方游牧民族传统将察哈尔本部分为左右两翼六个土绵，即阿哈固山、窦土门固山、高尔固山、哈纳固山、中军万户与阿喇克绰特万户。