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1430年宣德五年，宁远城今辽宁兴城筑成当年，原籍安徽的军官祖庆率全家老小迁居至此，世代繁衍，世袭明朝宁远卫军职并不断提升，成为宁远望族。
祖大寿的父亲祖承训，号双泉，是明朝万历年间镇守宁远的援剿总兵官祖仁的次子。随辽东今辽宁东部和南部及吉林省的东南部地区总兵官、宁远伯李成梁东征西伐，因抵御蒙古骑兵作战有功，不断得到提拔，出任辽东副总兵。
祖大寿于1620年泰昌元年为官，授职靖东营游击，曾被经略熊廷弼上奏表彰。1621年天启元年为广宁辽宁北镇巡抚王化贞部属，任职中军游击。
宁锦大捷
参见词条广宁之战、宁锦大捷
1622年天启二年，后金与明朝发生了广宁之战，明军战败，后金哈赤占领了广宁，祖大寿带领部队避到觉华岛。大学士孙承宗督师，以大寿辅佐参将金冠守觉华岛。
1623年天启三年，孙承宗和袁崇焕修筑宁远城墙，祖大寿负责宁远城工程，将城墙加高增厚，加强防守功能。
1626年天启六年正月，哈赤攻宁远，被守城的祖大寿的将士用大炮炸伤，大败而退的哈赤不久后伤重不治，皇太极继位。大败后金军之后，祖大寿以军功升副总兵。
1627年天启七年农历五月，后金皇太极率军再攻宁远。袁崇焕令祖大寿带领精兵四千人绕到敌后，总兵满桂、尤世威等率军至敌前形成犄角之势，和清兵激战于宁远城下。同年农历六月，清军败走，是为著名的“宁锦大捷”。
1628年崇祯元年，明朝任用袁崇焕督师辽东。同年农历六月，祖大寿升为辽东前锋总兵，挂征辽前锋将军印，驻守锦州。
后金皇太极曾经给祖大寿写信，商议派遣使者吊唁明熹宗之丧，并且恭贺新君崇祯登基，祖大寿回信拒绝了皇太极的要求。
满门皆荣
随着祖大寿地位的迅速上升，祖氏满门都获封官职。祖大寿的兄弟祖大乐、祖大成、祖大弼，子侄祖泽远、祖泽沛、祖泽盛、祖泽法、祖泽润、祖可法等，都是上自总兵、下至副将、参将、游击的各级军官，分驻宁远、大凌河今辽宁凌海市、锦州诸城。为表彰祖氏世代镇辽的功勋，明朝崇祯皇帝即位后，特命于宁远城内敕建祖氏四世镇辽的功德牌坊。
己巳之变
参见词条己巳之变
皇太极打锦州、宁远不下，便改变了战略，于1629年崇祯二年农历十月率十万大军从蒙古方向攻入长城，一直打到北京城下。当时，明朝军队主力都在山海关外布守，袁崇焕急率祖大寿驰援北京城，并在广渠门外与皇太极展开激战。孤军深入的皇太极怕袁崇焕与北京城内外合击，不得不撤军而走，清人销毁明朝的大量原始记载，为神化自己编造谣言说临走时布下所谓反间计。崇祯皇帝将袁崇焕下狱问罪，祖大寿既寒心又愤怒，率部东走，崇祯皇帝无奈之下让袁崇焕写信招回祖大寿，孙承宗也遣使抚慰，请祖大寿立功赎袁崇焕之罪，祖大寿便又回到了关内。
收复永平
1630年崇祯三年春，后金军攻克明朝永平等四城，皇太极听说祖大寿的族人居住在永平三十里村，就命令军队去抓人，得到祖大寿一个侄子及其亲戚家属。皇太极给祖大寿侄子一所住宅，并派兵监视。
不久，崇祯皇帝命令祖大寿与山西总兵马世龙、山东总兵杨绍基会师，率领副将祖大乐、祖可法、张弘谟、刘天禄、曹恭诚等进攻滦州，攻取滦州之后，进逼永平，贝勒阿敏等丢弃四处城池领兵返回后金。于是，祖大寿又回到锦州前线防守。但祖大寿从不只身离开军营，生怕叫东厂的特务抓了去。