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谈判终于有了结果。虽然极不情愿，但是幕府还是向清国赔礼道歉，承认由于自己保护不周全，导致了刺杀事件。
幕府将抓捕的可疑武士、浪人，一百多人全部交给淮海军处置，这些将会被送到远东做苦力或者在与俄国人战斗的时候充当敢死队。
幕府赔偿清国白银50万两。既然幕府没抓到人，当然自己得做冤大头。不过最后刘青北还是同意日本以江户关税分期偿还。
负责江户守卫的若年寄（相当于禁卫军统领）赐切腹谢罪。
后面就是刺杀事件之前双方准备的谈判内容，通过协商，最终形成了一份《清日亲善条约》：
一、清国将为日本的“闭关锁国”国策提供保护。为此日本将浦贺的一个港口租借给清国，清国在该处驻扎一支不多于也不少于一个团（2000人）的陆战队。但是该驻军未经允许，不得离开基地范围之内。
同时军舰也可以在这里停靠，今后未经日本同意，清国军舰不得再深入江户湾，当日方同第三国发生战争时，清国有义务进行必要的援助。为此幕府为该驻军每年提供是20万两白银的驻军费用。
这样相当于淮海军为幕府提供一支雇佣军，而幕府则会缴纳保护费。
二、帮助日方扩建浦贺炮台，所需火炮从清国购买。幕府的意思是只要能够保住江户就好了，至于其他的藩属你列强可以进攻，但是只要你登陆了，就会陷入日本人无止境地进攻骚扰中。
三、派遣一个军官团，帮助幕府训练一支新式军队。幕府要想有安全感，自己的手上必须有自己的武装力量，当然这支军队还可以用来镇压其他藩属国。这符合淮海军的既定目标。当然，由淮海军来训练这只军队，可以更好地把握好度。
四、清国商船可以在江户自由经商，军舰可以在江户、函馆、马关、长崎等港口临时停靠补给。
幕府坚持商船只能在江户停靠，其实是江户的一帮大佬想要继续把持清国商品的独家代理权，以及日本出口商品的销售权。他们已经从这段时间的交易中尝到甜头，又如何愿意松口呢？
通过这个条约，幕府算是在经济上和军事上都和淮海军捆绑在一起了。
对此以阿布为首的武家势力乐见其成，目前来看这是加强幕府统治的最好、最快方式。
淮海军也没有一下吞并日本的打算，董书恒现在还没有精力去处理日本这个泥潭，他需要一个听话的代理人，而腐朽的幕府恰恰是最佳的选择。
淮海军虽然看起来是侵占了一些日本的主权权益。但是在幕府看来，这些都是无关紧要的。
清国不像西方列强那样干涉日本的内政，也不会对日本的文化结构有多大的影响，因为双方本身在文化上就有同源性。
不过这份条约却引起了一些强藩的反感，比如土佐、长洲、萨摩、佐贺这四大强藩。
岛津齐彬知道这个条约的内容后，再次把有村次左卫门给暴揍了一顿。第二天就找个借口返回萨摩藩。他必须要为幕府与清国的缔约做好应变的准备。
《清日亲善条约》仿佛是一剂催化剂，让原本还处在萌芽阶段的日本内部矛盾迅速发酵，一场暴风雨即将降临日本。
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