最后，董书恒以陆海军总司令的名义宣读改组、整编方案。
总司令之下设立总参谋部。
刘青南任副总司令，严仕坤担任总参谋长，原来的参军室并入总参谋部，彭玉麟以及普鲁士退役上校汉斯担任副总参谋长，另外还有几名专业能力强的普鲁士军官加入参谋部。
董书恒觉得普鲁士作为现代参谋制度的发源地，与他们军官的严谨作风制密不可分。所以他才会不遗余力地引进普鲁士的军官，想通过他们影响自己手下的军官。
总参谋部负责作战情报的分析，作战计划的制定。战时要负责向一线派遣作战参谋。
……
总后勤部。
由原淮海公司采购部部长韩云担任部长。总管淮海军海陆军的物资采购、储备、供应。兵工厂、弹药长以及高邮军用造船厂将划给总后勤部管理。这个部门很容易滋生腐败，董书恒觉得必须交给自己信任的人管。
总作训部兼民兵司令部。
由原武装部部长马宗武担任部长兼民兵副总司令。作训部负责新兵的征募、训练，民兵的日常训练管理，同时管理全军士兵军籍，晋升奖惩……
淮海军陆军野战部队扩编为三个师。除了一些特殊兵种以外，董书恒不准备设置旅一级单位。以后淮海军将以师为单位展开作战。军一级的单位目前还不需要，而且淮海军也还没那么多部队。
野战部队为四个师一个纵队。
教导师。
在原来教导团的基础上扩建而来。
师长：刘青南（本人强烈要求留下一线部队，不愿意在参谋部做。不过董书恒还是让他兼任了陆军的副总司令。)
下辖:
炮团：1200人（拥有75毫米加农炮16门，50毫米榴弹炮25门，60毫米迫击炮30门。）
三个步兵团：6000人
骑兵营:500人
警卫营：500人
工兵营500人
特战营500人
还有一些随军专业人员。
……
教导师将会同原来江北大营的一些人马驻守浦口，建立新的江北大营，以后将是进军江宁或者安徽的主要力量。
原101团扩编为第一师，编制与教导师基本相同，师长王从志。第一师将移防徐州。徐州是江苏的门户，又是交通枢纽，历来是兵家必争之地。