正邪两派携大胜之余威，直接追杀到妖兽的老巢，东海的一座孤岛，又在孤岛上奋战了大半个月，终于杀死妖兽首领，剿灭了所有妖兽凯旋而归。双方都觉得大快人心，有一种不可言喻的感觉，原来双方联手竟然有这么大的力量。
妖兽大战结束之后，各自门派互相帮忙打扫战场，清理各自门派的尸体，和遗留下来的东西。
此次妖兽大战，虽然取得成功，但南天门实力已今非昔比，可以说是一落千丈，门下弟子战死太多，虽然别的门派也有很多人战死，但是相对南天门而言，他们的损失仅仅是九牛一毛，尽管如此，以现在南天门的总体实力而言依然是整个神州大陆的第一门派，依然能够统领正派群雄震慑魔教。这时的云天真人想，这次大战之后各门各派应该会好好的休养生息，相信神州将会进入一个相对和平的阶段，毕竟这样的惨状，有生之年出现一次已经够了，就算魔教也损失惨重，必然需要长时间休养生息。
就这样双方安安静静的过了几十天后，魔教不知为何撕毁和平协议，召集所有教众，大规模偷袭南天门，由于南天门众多高手在妖兽大战中，死的死，伤的伤，云天真人一开始就没有设防，并且魔教是倾巢而出，对南天门的防守要塞也是非常熟悉，人数上还站了好大的优势，一时间竟然被魔教占领了大半个南天门，这时的情况比起妖兽围困南天门更加惨烈，就差一点点南天门大殿就被攻陷，还好云天真人迅速调整作战方案，组织弟子拼死抵抗，受伤的弟子在后方打起游击，骚扰对方的后方，使得魔教兵力分散，暂时缓解了正面战场的压力，双方进入微弱的相持阶段。无奈云天真人第一次向别的门派求援，一时间天鸿寺，安宁城，苍宇城，三大门派大批高手涌入南天门，从外围反包围魔教众人，正道中一些小门小派也投入了战斗，双方再次杀的惊天动地，蜚声四起，就算是到了夜晚，无数的法宝对抗产生的光亮足以照亮整个南天门，一时都不知道白天或者黑夜，整个南天门只有厮杀的声音。
这次大战比起妖兽大战有过之而无不及，惨烈程度可以说是惊天动地，双方再也不顾及什么情谊，盟约，下手就是杀招，毫不留情。终于魔教教主枯木老人在和云天真人激斗了三天三夜之后，被云天真人诛杀，再加上各个门派在外围大肆反攻魔教一方顿时土崩瓦解，全面崩溃，魔教四大护法率领一些残兵败将仓皇逃离。
云天真人第一次放下得道高人的姿态，率领整个正道一路追杀一直杀到魔教圣殿总堂，杀到没有一个魔教妖人敢在魔教圣地出现才肯罢休。
正派众人一看魔教已经四处逃离，不敢出现，一把火直接烧了魔教总堂，远处的魔教弟子远远看着熊熊大火燃烧着自己的神殿，硬是不敢回来扑救，只得在心里面默念祷告。
正道中人看着魔教的圣殿的大火已经无法扑灭，这才罢手，然后拂袖而回。
经过两战，南天门彻底衰落，妖兽一战一落千丈，正邪一战可以说是一落万丈。
此战役云天真人，虽然杀了魔教教主，自己也受了伤，大弟子天玄道人断了一臂，其余全部弟子全部战死，更不用说一些新生代的学徒。整个南天门只剩下云天真人和他的徒弟天玄道人。
其余正道门派，比如安宁城，苍宇城，天鸿寺也是损失惨重，苍宇城老城主在此次南天保卫战中，被魔教八大护法中的四个围攻直接战死，天鸿寺住持智鸿大师的师兄弟全部战死，安宁城所有长老也几乎全部死去，至于一些本想来捡便宜的正道小门派大都都全军覆没，便宜没捡到，倒是全军覆没。
魔教也好不到哪里，经此一战，魔教教主被杀，手下高手损失了七成左右，幸存下来的长老，八大护法只剩下四个，四位圣使全部死去，剩下有威望的四位护法为了抢夺教主这职位，陷入了四分五裂之中。从此之后，双方才真正进入了相对和平的局面。