始设于雍正二年（1724年）十月。但选明朝皇室后裔，封以官职，使之世奉明祀的主张，则创议于康熙年间。
第二、营建明思陵，礼葬崇祯帝后
崇祯皇帝·朱由检，明朝第十六位皇帝，也是明朝作为全国统一政权的最后一位皇帝。明朝首都北京被李自成农民军攻破，崇祯帝在绝望中于紫禁城后景山自缢身亡。
明思陵约建于1642年，本是思宗宠妃田贵妃之妃园寝。
明朝灭亡后，李自成命人将明思宗及皇后周氏合葬于田贵妃之墓，为拢络人心并改名思陵，使思陵成为明十三陵中唯一一座帝后与妃嫔合葬之陵，而相较于明朝诸陵，思陵的规模也较小。清军入关后，以礼改葬于明十三陵中的思陵，并营建地面建筑。
“顺治帝：你看，隔壁老李管杀不管埋，一点也不厚道”
三、废陵禁，护陵园
进入清朝以后，明朝时所制定的有关陵寝龙脉的各项禁令以及陵寝兆域内不准随便出入的制度等一概被废除。以后，明朝时所制定的有关陵寝龙脉的各项禁域内不准随便出入等制度一概被废除。陵区内的果园、陵监因此而衍成为自然村落，陵区外的农户也不断迁居陵区之内，形成新的村落。
清朝时，十三陵的管理制度放宽了，但陵区内的陵坟建筑及近陵树木仍在保护之列。当时不仅有陵户、守陵太监、明裔一等侯具体负责保护。顺治、康熙、雍正、乾隆等朝，皇帝还亲降谕旨责令地方官员勤加稽查，申伤守陵人员敬谨防护。顺治十六年(1659年)十一月十七日颁发的保护明十三陵的谕旨又由朝廷镌刻在长陵宫内的龙蚨碑上。
对破坏明陵的案件，清王朝也依律严加惩处，并采取相应的保护措施。
如，顺治三年(1646年)三月，本县农民王科等七人盗发郑贵妃墓，事发后，官府将他们斩首弃市。
光绪七年(1881年)陵区内的土地除历年准许耕种的部分外，私垦情况又渐严重，有的甚至垦至大红门正道及长陵碑亭石柱根处。延恩侯诚端自光绪二年〈1876年〉始私招陵户垦种妃坟墙内土地多处，东井一处竟已种至冢前，为此，户部于光绪八年(1882年)议定：“将妃冢围墙内私行招垦之地立即封禁。其各陵酌中定界，概以宝城宫墙外三丈为度，饬州明立界石。……凡墙外三丈以内垦种之地，无论系延恩侯诚端招垦或系民间旧有，一律封禁。……妃冢亦于围墙外三丈为限，庶禁令归于一律，腾地不至过多。间有侵占明堂正路及大红门正道，并总碑楼石柱根者，并即封禁。……至封禁界内原契照之民地，另觅他地拨补。其延恩侯诚端私租，及民间侵占明堂正路之地，应不准拨补。”
此议经大学士李鸿章及直隶总督张树声等核定，认为“……明代原设保护陵基之群墙，相距宝城、宫墙不过一丈五六尺，现改定三丈，较原数增至一倍，足资保护，自应照此定案，饬州明立界石，永远封禁”。他们还提议，“责成霸昌道督同该州，随时认真察查防护，不准稍有越垦，以副国家隆礼胜朝至意。其界外无碍之地，照旧听民承种，庶免失所”。
此奏呈上后，光绪皇帝谕令：“著直隶总督、顺天府尹责成霸昌道督饬昌平州知州，按照户部此次议定界限章程办理。界限以内垦种之地，一律腾出封禁，以资保护。如再有越垦情事，即将该知州严行参处。”
至清廷覆灭，清朝时十三陵没有受到太大的人为破坏。
“我有个疑问”
一个水友说到：
“为啥崇祯上吊那会，太监大喊大行皇帝呢？”
曹七七想了想说到：
“大行皇帝一词，最早见于《后汉书·安帝纪》：“大行皇帝，不永天年。””
“大行皇帝是中国封建帝制时代，在皇帝去世直至谥号、庙号确立之前，对刚去世的皇帝的敬称。
“大行”就是永远离去的意思。
大行皇帝的谥号、庙号一旦确立，就改以谥号或庙号作为正式称号，不能再称“大行皇帝”。