礼部也开始了忙碌，主要还是九月份科举考试的事宜，需要提前筹备，京城被闯贼李自成攻陷，北方陷入到水深火热之中，这也令朝廷失去了大量的官吏，需要通过科举考试重新予以招募任用，至于说那些归顺了闯贼李自成的原朝廷和地方官吏，短时间之内是不大可能任用了。
看上去最为忙碌的还是工部，工部尚书马士英忙的两脚不沾地，被皇上敕封为工部左侍郎的阮大铖，也跟着忙的昏天黑地，南直隶、浙江以及山东等地的河塘沟渠之维修，以及某些地方官道的修缮，都需要工部来筹谋计划，根据工部提出来的整体计划，户部拨付钱粮，且皇上还令工部关注地方的灾情，尽可能的予以统计，对于某些灾情严重的地方，朝廷必须拨付钱粮予以救济，不能够让地方饿死太多的百姓。
皇上可不好糊弄，对于下面的事情很清楚，更加要命的是，皇上对于户部拨付出来的钱粮，盯得很紧，地方上若是敢贪墨钱财，很快就会遭遇到惩戒，浙江某个地方的知县，以及县衙的诸多官吏，贪墨了近一半的救济钱粮，结果很快被督查院查出来，知县以及十多名官吏全部都被砍头示众，且是圣旨直接到了地方，浙江巡抚也遭受到了训斥。
被赋予了权力的马士英，干劲很足，每天几乎是第一个到官署去，也是最后一个离开官署的，阮大铖则是奔波在南直隶各地，巡查地方的情况，落实朝廷及工部之要求。
最不被人看好的工部，居然在地方上产生了最大的影响，南直隶、山东和浙江地方官府的文书如同雪片一般的来到工部，请求修缮官道、沟渠和堰塘，甚至有直接禀报灾情的。
这样的情形，在朝中产生了一定程度的震动。
其实最忙的还是督查院，皇上基本废除了听风奏报的规矩，要求督查院弹劾官员的时候，需要有一定的凭证，不过皇上要求督查院严查朝中和地方官吏，特别是贪墨钱财、失职渎职等行为，发现一起务必要处理一起，且督查院提出来的处理意见，皇上基本都采纳了。
督查院左都御史路振飞，以及右都御史张慎言，都是清正廉洁之人，处理贪墨与失职渎职官员绝不会客气，而且他们得到了皇上的大力支持，做事情肯定是格外的卖力。
有关赋税的事宜，皇上与户部产生了一些争执，皇上要求户部统领，摸清楚地方商贾之情况，为征收商贸赋税打下坚实的基础，户部大部分的官员认为，朝廷还是要以农业赋税为主，不能够将过多的注意力集中到商贸赋税上面，至于说朝廷征收商贸赋税是与民争利的说法，压根无人提及，不过最终还是皇上的意见得以推行，据说皇上并未强行要求户部的官吏执行，而是通过讲道理以及常朝辩论的方式，让户部尚书邱祖德等人完全接受意见。
唯一推延的一件事情，就是有关朝廷和地方官吏俸禄的事宜，皇上计划提高朝中和地方官吏的俸禄，将所有的开销都摆在明面上，而且皇上还打算确定地方与朝廷赋税分成的方式，公开的给地方官府留下一定额度的赋税，以维持日常的开销，不够皇上的这个提议，吏部、户部和礼部都不是很明白，也没有完全弄懂其中的意思，皇上无奈，只好暂缓执行。