接着，朱由校才因此问着费利佩四世：“费利佩四世，你是否认罪？”
费利佩四世看着这些东方人，心里已毫无生念，也就点了点头。
“凌迟处死！”
于是，接着不久，朱由校就下达了处决费利佩四世的旨令。
对于这些西洋番，朱由校可不会手软，他很清楚，这些人在历史上有多残忍野蛮。
当费利佩四世得知自己要被凌迟处死时，只是激动地大喊：“不，不要，我是西班牙的国王，我是哈布斯堡王朝的贵族，你们不能这样对待我！”
但费利佩四世此时呐喊已没用，他现在只能接受被凌迟处死的命运。
“朕以严刑处决费利佩四世，是因为他是那些屠戮百姓的刽子手的幕后主使，但朕不会对你们这些因为提出不同科学观点的学者治罪；
相反，朕会鼓励你们继续研究，也给予你们研究的自由，今后你们就留在大明科学院，为人类的进步做研究，朕会给你们最大的支持！但现在，你们得先学会汉文，朕已派了最好的老师教习你们汉文，希望你们尽快学会！”
在处置完费利佩四世后，朱由校就见了笛卡尔等人，并表达了自己的一番观点。
“是！”
笛卡尔等回了一句，他们对于朱由校支持他们的行为感到很欣喜。
这个时代，还没有多少人能意识到笛卡尔等人对整个人类文明的进步有多大的价值。
但朱由校是清楚的，所以，他才会让沈寿峣等下西洋时，要不惜一切代价将这些人带回大明来，他甚至还下达了密旨说，这些人如果不来，就直接暗杀掉，就算人类文明延迟进步，他也不希望外国多一丝赶超大明的机会。
所幸的是，这些科学家在本国相比于牧师或者律师，还没有受到多大的重视，所以，还是都被成功带到了大明。
大明现在的科研实力自然已是十分强悍。
大明科学院和工程院的研究人员数量已经十分庞大。
地方各省和大型工厂也都有各自的研发机构。
朱由校甚至还直接出內帑，创办了《自然》和《科学》两期刊，任命大明最权威的学者担任翰林院编修，专门负责审稿，评选出每期最有价值的研究性论文，只要被选上期刊的，皇帝会亲自予以重赏，赐予散官官爵，以及丰厚的金钱奖励。
另外，朱由校还设了国家科学技术奖，每年一度，用于奖掖在科研领域最有成就的学者。
而获得者将获得正二品大员的待遇。
虽然大明在外宣扬儒家文化，用各种威逼利诱的方式扩张着儒家文化圈，但如今的大明本土已经不是儒家文明为主，而一个具有大明特色的工业文明国家。
因为朱由校的一系列操作，使得在大明本土，从事科学研究的学者和工匠，还有救死扶伤的医士以及军人最为被尊重，相反，纯粹的儒士则被冷落了许多。
而当朝廷决定要改变科举制度后，不再以八股文章取士后，对于只能做官老爷的他们而言，无疑是更大的打击。