接着，毕自严便开始令政事堂中书舍人办理此事，并在办好，来到朱由校这里复了旨，且道：
“陛下息怒，传统官员一向崇尚外邦当礼待，否则有损国体的政策，而不知民族与民众之尊严当有责为其维护，这不是一朝一夕就能改的，只因理学造就了这种思想，要想彻底更改，先放弃独尊理学、重新培养一代人，培养起民族意识才可，所以，现在虽说问刑定罪已偏向本国汉人以及汉化程度较高者，但底下的官员只怕还是老一套，认为小民可欺，外番之事无小事，故而才出了这样的事。”
朱由校听毕自严这么说，怒气稍减：“你说的没错，好在朱以海等宗室子弟接受的是新式教育，开始有民族观念，不然，朕还不知道有这样的冤案发生。”
“这就是陛下的英明之初了，让宗室留京，既避免宗室为祸地方，又能借其身份监督朝臣，而且陛下到底算是皇族之族长，能决定其教育，故而可使其接受新式教育，而不用被传统儒生影响，如今也就能替陛下做些事。”
毕自严回道。
朱由校笑了起来：“像你这样明白的大臣再多些就好了，那样的话，无疑是社稷之福，百姓之福，朕也少生些气。”
“臣相信，会有那么一天的。”
毕自严回道。
“皇爷，巡城御史张四知已被押到。”
外面的锦衣卫这时候进来禀报道。
朱由校因此道：“押进来！”
没多久，张四知便被押了进来，匍匐在朱由校面前。
朱由校则冷冷地看着他：“张四知，朕才公布的新问刑条例，你看没看？”
“看了。”
张四知哆嗦地回道。
朱由校接着问道：“那你为何还做出这样的事来，朕问你，你是倭奴的狗，还是我大明的官？”
张四知颤抖着回道：“自是大明的官。”
“既是大明的官，为何倭奴犯事不惩处，反而无故拿本国汉家子民！”
朱由校桌子一拍，喝问道。
张四知直接磕起头来：“陛下饶命！倭奴素来好勇斗狠，一旦逼急了，容易闹出大的事端来，臣也就不敢十分的管，至于本国汉家子民，臣也只是吓唬吓唬他，免得他以后又招惹到倭奴来，臣做的不对，请陛下指教，臣一定改！”
朱由校冷笑起来：“朕看你就是一天生没骨头，不知道站着是什么感觉的，来人，将他拖下去，腿打断！连倭人都不敢得罪，那还当什么御史！”
“是！”
锦衣卫便将张四知拖了下去。
“陛下恕罪！求恕罪啊！”
张四知因此大喊了起来。
接着，张四知又朝毕自严喊得：“元辅，替下官说说话吧，呜呜！”
毕自严见此喝道：“说什么，陛下对你已经是从宽处罚了，也就因为陛下仁善，刚改了问刑条例，汉人犯罪，从宽处理，说汉人能不杀就不杀，才只打断你的腿，换做以前，早让你见阎王爷去了！”
张四知一愣，忽然改变态度大骂了起来：“姓毕的，你这个儒门叛徒，鼓吹什么汉家至上，华夷有别，你这是背叛圣教！欲让陛下对外行以霸道之事，而非我儒门孔教所提倡之王道，我有今日下场，就是你蛊惑圣上所致！”
毕自严没想到张四知还是儒家卫道士，是自己思想上的反对者，也就干脆转身拱手道：“陛下，张四知恐有贪墨嫌疑，据臣刚才看了宗室朱以海等的密本所知，天津工匠唐有山进京是乘了马车的，想必张四知是见他能乘马车，而以为他有钱财可敲诈，故而才抓了他，不然，就算他再如何认为外番不可欺，也不会无故冤枉一平民，毕竟儒士就算再对外唯唯诺诺，但对老百姓还是应该爱护的，除非是背离了孔孟之道，而只知鱼肉百姓的伪君子。”
朱由校因此看了张四知一眼。
而张四知则立即闭了嘴，心里后悔至极，心道：“不该骂毕自严啊，能做首辅的到底是不简单，居然瞧出了自己的心思，而因为自己一时冒犯，三言两语就让自己的下场变得更惨。”
朱由校这时候已经因此吩咐道：“着令东厂严查，先抄其家，家产赏赐给戍边将士，若有贪墨，全族流放新设之北山布政司，本人剥皮实草！”