至此刘海也无可奈何，只能命令两个相军师，分别向丹阳和芜湖前进，但是在这出兵之前，刘海又像两支部队的领导人发出了命令，让他们的了地方上不可开枪，只能用木棒驱散群众。
等到这两支部队到达丹阳和芜湖之后，按照刘海的命令开始隔绝群众和各领事馆和教堂，然后鸣枪示警，同时使用木棒驱散群众。
这些老百姓一见朝廷这一回动的真格，其实他们心中也是害怕，除了一些领头的之外，其他的人就偷偷的回家了。
于是这两地的汹涌的民情，便迅速的平息，而局势也恢复了平静。
不过朝廷对于这两次动乱并不打算就这么放弃，当即就连续下旨两江总督刘坤一，让他立刻派能员前去调查，同时严惩在这次民变中的头领。
刘坤一接到朝廷的命令，立刻就派镇江知府王仁堪来到丹阳调查。
说到这里，咱们要说一句，当时的丹阳知县乃是赫赫有名的金庸先生的祖父——查文清。
查文清和王仁堪到墓地看的时候，儿童惨状不忍直视。横在他们身上就有两难选择：邻县已经抓捕了烧教堂的人，自己也面对着朝廷方面的压力。但百姓此举都是正义之举，抓了烧教堂的百姓于心不忍。
于是这两个人就进行了串通，秘密的将那些已经被抓获的丹阳百姓偷偷的放走。
这两人办的这些事情很快就被英法探知，他们知道之后勃然大怒，立刻就向两江总督刘坤一提出抗议。
刘坤一现在能怎么办？只能是息事宁人，立刻就发令将这二人革职查办。
同时为了平息列强的愤怒，将在芜湖教案中，围攻英国领事馆的两位带头人王光全、傅有顺，全部处死已作交待。
紧接着又处罚了所在地区的知县，同时动用番库的银两，白银24万余两，这才平息了列强的愤怒。
刘坤一因为这件事在朝廷和民间的威望大损，朝廷认为他办事不力，才让民变四起，而民间认为他为了讨好洋人，竟然滥杀无辜。
刘坤一刚刚上任两江总督，几个月就碰上了这样的事情，马上就把他原先那一股热情浇的透心凉。
不过刘坤一毕竟是老于世故，马上就调整了心情，开始稳定两江地区的事务，再加上他在湘军之中名望甚高，而刘海又是他的亲侄子，因此他对于两江地区的控制还算是稳定。
而对于刘坤一竟然能在这种事情上安然无恙，最为恼怒的应该就算是直隶总督李鸿章了。
原来这李鸿章和刘坤一简直就是生死对头，两人当年因为上海县的事情就闹得不可开交，虽然最后李鸿章竟然发了狠，几次弹劾刘坤一。
到了最后连慈禧太后都有些招架不住了，最后幸亏刘坤一母亲病逝，这才让朝廷有了借口，让刘坤一回乡丁忧，不然的话这两个一南一北还不知道闹成什么样呢。