听说城堡内的守军不多，成吉思汗并没有放在心上，却没有想到，在守军的顽强抵抗下，蒙古人死伤了不少。
他一气之下，只得像攻外城一样，开始动用抛石器和喷火筒，将四百多守军几乎杀光时，才攻下了内堡。
攻城时付出了代价，睚眦必报的成吉思汗，开始进行报复了。
他亲自带着人，进入不花剌城最大的清真寺，让士兵将寺内的木箱和里面的《古兰经》，全部搬到广场上，先让马践踩倒在地上的经书，接着让城里的贵族和官员搬来草料，倒在原本装经文的木箱内，作为喂马的食槽。
那些教经文的教长，则被集中在广场上，站在木箱旁边，负责看守蒙古大军的战马，直至马吃饱为止。
同一时间，他们还将城内的歌姬，都集中在广场上唱歌跳舞，一群蒙古将军却拿着装酒的牛皮囊，公然在这些***教徒面前，一边欣赏歌舞，一边饮酒作乐。
如此做法，无疑是公开地对***教进行亵渎，然而在蒙古大军的暴力和屠杀之下，不花剌城的***教徒，也只能是敢怒而不敢言。
耶律楚材也在现场，见成吉思汗为了报复，什么恶毒的方法都用出来了，更是不敢上前劝谏。
接下来，成吉思汗将全城的居民都驱逐出城，蒙古大军开始挨家挨户地搜刮财物，很快就将城内值钱的东西洗劫一空。
抢完了财物，士兵来到了城外的居民面前，先将其中的工匠和手工艺人选了出来，充到军中备用。
选完工匠和手工艺人，蒙古人又开始挑选长得好看的妇女和儿童，一旦遭到反抗，就当场将这家人全部杀死。
一时间，城外哭声震天，不幸的花剌子模人在生死离别之中哀嚎，这也是不花剌城历史上，最黑暗的一天。
抢完人和财物，成吉思汗让大军在城内放起了火，由于是用木料和粘土构筑而成，不花剌城很快就变成了一片火海，最后只剩下一片废墟。
接下来，蒙古大军带着人和财物走了，不花剌城的居民，却无家可归了。
成吉思汗穿越红沙漠，并顺利攻下不花剌城时，察合台和窝阔台花了五个月的时间，牺牲了无数的蒙古人，才攻下了准备充分，粮草储备丰富的讹答剌城，抓住了当年杀死蒙古商队的守城将领海儿汗。
为了报复，蒙古大军杀死了工匠以外的男人，并将整个城拆毁，夷为平地，曾经繁华的讹答剌城，也变成了人间地狱。