生物星舰的内部空间寸土寸金，就算是全舰最重要的舰桥也不会获得很大空间。就算是鱼龙号这种拥有了可膨胀伸缩身体以及不断蜕变无限成长潜力的特殊生物星舰，它留给操纵者的舰桥也只有八十平米，仅仅是比流马号稍大一点的水平。
这个舰桥位于鱼龙的后颈部位，上方和前方有坚硬的头盖骨以及龙角保护，后方是漫长的龙身。除了观景旅游类的星舰，没有舰桥会选择制造难度更高、防护水准更差的玻璃幕墙模式，超厚装甲与投影的观测系统几乎是唯一合理的方案。放在鱼龙号身上，它本来就是狭长形态，加上内部空间拥挤，倒是给艾瑞克斯一种身处潜水艇里面的感觉。
先期制作的舰桥装备已经由ZTFD搬运进来，一件件摆放在地上，还没有完成安装。墙壁、天花板和地板全都是柔质的惯性阻尼，与鱼龙的头部感知惯性的器官连接在一起，能保证内部的重力方向和惯性状态保持稳定。在舱室内部看不到任何生物的组织器官，不管是肌肉、血管、神经、淋巴还是骨骼，都在黑色惯性阻尼装甲板的另一侧。这样做既可以避免舰员整日看到血肉而受到精神压力，也可以对星舰的生物组织进行保护。
柔质惯性阻尼内部为中空结构，为安装线路预留了大量纵横交错的通道，每隔一段距离还会留出一个方形的标准接口。这个接口可以同时兼容数据线路、能量线路、物质通道和神经线路。其中数据和能量线路采用了地球·环盟标准，而神经线路则是来自生物星舰科技的产物，艾瑞克斯为鱼龙号专门定制。
不管是地球还是环之联盟都没有生物星舰，这让艾瑞克斯非常奇怪。明明有息壤球这么强的技术，元粒体又和生物体非常契合，完全可以创造出无比强大的星际生物。经过对星舰资料库的研究，地球·环盟并不是没有研究这条技术路线的能力，而且也没有这方面的道德约束问题——息壤球就是生命体，如果有道德问题那就没有息壤球了——同时地球环盟也不是尝试过后觉得效率低下选择放弃，而是完全没有开展这方面的研究。
艾瑞克斯一直没想出该如何解释这个怪现象。
地球·环盟“缺少”的科技路线，现在由艾瑞克斯补上，主要就体现在新的标准接口上。原本接口上只有数据线路、能量通道，以及供ZTFD等微型模块机器人通行的物质通道，现在加上了可以连接鱼龙的神经接口。这个接口对应复合进化人的脑控体通讯设备，可以产生一个专门与艾瑞克斯进行连接的通讯信号。艾瑞克斯可以选择用脑控体直接接触进行连接，或者使用通讯中枢，然后他就可以在鱼龙号内发挥自己的算力优势。
鱼龙号是生物星舰，“生物”那一部分的功能经过基因改造后已经非常不完整，需要ZTFD辅助才能完成。它可以自主调节反重力的强弱，在大气层内穿梭飞行，以牙齿和爪子做出简单的防御行为，基本上也就是这么多。剩下的生物功能以及全部的“星舰”部分，还是需要通过电子控制系统来完成。
在其他星舰上，这部分控制可以完全交给人工智能，因为应对机械和电子就是人工智能的本职。但是生物星舰有一半是生物，如果仍旧使用人工智能，效率会降低，故障率会大幅上升。控制生物体，还是生物最有经验，亿万年的进化依旧稳固着自己的优势。对于艾瑞克斯来说，使用人工智能依旧需要非常谨慎，能不用尽量不用。
他需要“研究员”来监控鱼龙号的生理状况，在它工作和成长的过程中提供持续护理，有着不可替代的作用。在原本的设计中，各个岗位的舰员也有着不可替代的作用，需要他们根据星舰的运行情况来做出各项调整，操控各个系统让鱼龙保持最佳工作状态。
艾瑞克斯无法分身代替各个岗位上的舰员，也不想让人工智能在星舰的系统里乱跑，于是另辟蹊径，决定和鱼龙号的生物部分并肩站立，用自己的大脑弥补它在控制能力上的缺失，同时用脑控体来进行人机融合部分的协调。简单来说，他是把鱼龙的大脑当做脑池，星舰的系统就仿佛核心舱的数据空间，他来负责居中指挥。